Corresponde a la Secretaría de Gobierno desarrollar las siguientes funciones:

- Atender el orden público y desarrollar mecanismos tendientes a garantizar el respeto a los derechos humanos y la aplicación efectiva de los principios deberes y derechos constitucionales en la jurisdicción departamental.

- Garantizar el adecuado trámite y elaborar proyectos de fallo de la segunda instancia de los recursos de apelación, revisión o queja en los procesos civiles y especiales de policía, conocidos en primera instancia por los alcaldes municipales en el departamento.

- Brindar atención integral a los grupos de población vulnerable mediante la aplicación de estrategias de acción coherentes con las necesidades y población objetivo.

- Coordinar de acuerdo con las políticas Nacionales e Internacionales procesos de organización con grupos vulnerables de la sociedad civil o las comunidades, necesarios para su participación en la identificación, priorización, ejecución y operación de programas y proyectos dirigidos a mejorar la calidad de vida y la convivencia pacifica de la población. Orientar las políticas departamentales en materia de paz, rehabilitación y reinserción y adoptar programas para fortalecer éstos procesos.

- Actuar en representación del Estado en el nivel departamental, en los procesos de concertación con la sociedad civil para gestionar la realización de planes programas y proyectos dirigidos al desarrollo social.

- Coordinar las relaciones con la Asamblea Departamental y demás cuerpos políticos.

- Coordinar las relaciones del Gobierno Departamental con las fuerzas militares de policía y organismos de seguridad del estado.

- Tramitar y elaborar proyectos de auto, resoluciones y decretos de nombramiento de alcaldes ad-hoc en los impedimentos y recusaciones de los alcaldes municipales en los procesos civiles ordinarios y especiales de policía.

- Gestionar y coordinar la política de prevención de desplazamiento y de atención integral a los grupos de población vulnerable mediante la aplicación de estrategias de acción coherentes con las necesidades y población objetivo, facilitando los procesos de descentralización.

- Realizar procesos de organización con grupos vulnerables de la sociedad civil o las comunidades, necesarios para su participación en la identificación, priorización, ejecución y operación de programas y proyectos dirigidos a mejorar la calidad de vida y la convivencia pacifica de la población.

- Reconocer y cancelar las personerías jurídicas, aprobar las reformas estatutarias y registrar los dignatarios de las asociaciones, corporaciones, fundaciones, instituciones de utilidad común, JAC, JVC, asociaciones de JAC y las que desarrollen actividades con las comunidades indígenas.

- Coordinar con las respectivas autoridades el desarrollo de los procesos electorales.

- Coordinar la operación de los proyectos multisectoriales y ejecutar aquellos dirigidos a la solución de problemas sociales específicos que no dispongan de una entidad sectorial especializada.

- Asesorar la creación y funcionamiento de las jurisdicciones especiales en los territorios indígenas del departamento.

- Estudiar y emitir concepto técnico sobre la viabilidad y creación de nuevos cabildos.

- Expedir los carnés que acrediten la pertenencia a un cabildo.

- Diseñar, implementar y desarrollar programas de capacitación dirigidos a los funcionarios públicos responsables de los asuntos indígenas y los dirigentes y miembros de las comunidades indígenas sobre los asuntos de su interés.

- Garantizar la protección de los derechos fundamentales de las comunidades indígenas y de sus resguardos.

- Expedir los carnés que acrediten la pertenencia a un cabildo.

- Controlar inspeccionar y vigilar a las entidades jurídicas sin animo de lucro y estudiar y conceptuar sobre los balances contables rendidos. Expedir los pasaportes, de acuerdo con los procedimientos y normas que expida el Ministerio de Relaciones Exteriores y demás que se encuentre vigentes.

- Las demás que en el marco de su objeto se deriven de los planes, programas y proyectos a su cargo y que le sean asignadas por autoridad competente.